สำนักงานเลขาธิการสภาการศึกษา (สกศ.) ในปัจจุบันมีจุดกำเนิดมาจากสภามหาวิทยาลัยแห่งชาติ ซึ่งจัดตั้งขึ้นในสมัยรัฐบาลของจอมพล ป. พิบูลสงคราม เมื่อวันที่ ๑๑ มกราคม ๒๔๙๙ เนื่องจากขณะนั้นมีมหาวิทยาลัยอยู่ต่างสังกัดกัน ๕ แห่ง ได้แก่ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย สังกัดกระทรวงศึกษาธิการ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เป็นอิสระ มหาวิทยาลัยศิลปากรเป็นโรงเรียนศิลปากรและกำลังจะเป็นมหาวิทยาลัยอยู่ในกรมศิลปากร มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ สังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ คือ โรงพยาบาลศิริราช สังกัดกระทรวงสาธารณสุข

เพื่อที่จะพัฒนามหาวิทยาลัยให้เข้มแข็งและมีเสถียรภาพสูง เซอร์ ชาร์ลส์ ดาร์วิน ที่ปรึกษายูเนสโกขณะนั้นเสนอแนะว่า ต้องนำมารวมกันเป็นหนึ่งมหาวิทยาลัย คือ มหาวิทยาลัยแห่งชาติ จึงมีการเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณา แต่รัฐมนตรีบางท่านไม่เห็นด้วย จึงจัดตั้งเป็น “สภามหาวิทยาลัยแห่งชาติ” ประกอบด้วย นายกรัฐมนตรี เป็นประธานกรรมการ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เป็นรองประธาน มีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงวัฒนธรรม รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง อธิการบดีจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย อธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้บัญชาการมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ อธิการบดีมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ผู้อำนวยการมหาวิทยาลัยศิลปากร และปลัดกระทรวงศึกษาธิการ เป็นกรรมการโดยตำแหน่ง กับกรรมการจากผู้ทรงคุณวุฒิอีก ๑๒ คน และมีเลขาธิการสภามหาวิทยาลัยแห่งชาติ เป็นกรรมการและเลขานุการโดยตำแหน่ง คือ ศาสตราจารย์ ดร.กำแหง  พลางกูร